Katsuragi Misato — trưởng bộ phận chiến lược của cơ quan đặc biệt Nerv, nhớ lại chấn thương mà cô đã trải qua khi mới 14 tuổi. Trong thí nghiệm, một tia sáng khổng lồ được tái kích hoạt ở Nam Cực, làm cho chỏm băng tan chảy ở phía nam và dẫn tới cái chết của cha cô — tiến sĩ Katsuragi; mặc dù đang ở Nam Cực vào thời điểm xảy ra Chấn động thứ hai, Misato đã thoát khỏi thảm họa và sống sót. Sau đoạn hồi tưởng, Misato thăng chức và miễn cưỡng ăn mừng với cấp dưới của mình — phi công mecha Evangelion Ikari Shinji và Soryu Langley Asuka.

Sahaquiel — tiêu bản thứ 10 của Angel (địch thủ đối với loài người) xuất hiện trên quỹ đạo vệ tinh. Kẻ thù lớn hơn nhiều so với các đơn vị Evangelion và Nerv tin rằng chiến lược tấn công của tiêu bản là hạ cánh và sử dụng cơ thể của chính nó làm quả bom. Shinji, Asuka cùng đồng nghiệp phi công Ayanami Rei điều khiển những chiếc Evangelion của họ, đánh chặn kẻ thù và thành công ngăn chặn mọi dự đoán xác suất của của Nerv. Cuối cuộc đối đầu, chỉ huy của Nerv là Ikari Gendo (người vẫn luôn ở Nam Cực trong chuyến thám hiểm bí ẩn cho đến thời điểm đó) đã chúc mừng cậu con trai Shinji của mình. Shinji ngẫm lại những lời khen ngợi bất ngờ từ cha mình, đồng thời nhận ra đó là lý do cậu quyết định lên Evangelion và trở thành phi công.